Multicenter quality control of hepatitis C virus protease inhibitor resistance genotyping.
Sophie Vallet
(1)
,
Sylvie Larrat
(2)
,
Syria Laperche
(3)
,
Hélène Le Guillou-Guillemette
(4)
,
Florence Legrand-Abravanel
,
Françoise Bouchardeau
(3)
,
Adeline Pivert
,
Cécile Henquell
,
Audrey Mirand
,
Elisabeth André-Garnier
,
Valérie Giordanengo
(5)
,
Gisèle Lagathu
(6)
,
Vincent Thibault
(7)
,
Caroline Scholtes
,
Evelyne Schvoerer
(8)
,
Catherine Gaudy-Graffin
(9)
,
Sarah Maylin
,
Pascale Trimoulet
(10)
,
Etienne Brochot
(11, 12)
,
Sébastien Hantz
(13)
,
Joël Gozlan
(14)
,
Anne-Marie Roque-Afonso
(15)
,
Patrick Soussan
(16)
,
Jean-Christophe Plantier
(17)
,
Charlotte Charpentier
(18)
,
Stéphane Chevaliez
(3, 19)
,
Philippe Colson
(20)
,
Vincent Mackiewicz
,
Lina Aguilera
,
Sylvain Rosec
(21)
,
Stéphanie Gouriou
(1)
,
Nelly Magnat
,
Françoise Lunel-Fabiani
(4)
,
Jacques Izopet
(22)
,
Patrice Morand
(2)
,
Christopher Payan
(1)
,
Jean-Michel Pawlotsky
(3, 19)
1
LUBEM -
Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne
2 LVMS - Laboratoire de virologie moléculaire et structurale
3 Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta
4 Laboratoire de virologie
5 IPMC - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire
6 Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes]
7 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
8 Laboratoire de Virologie
9 Virus, pseudo-virus: Morphogénèse et Antigénicité
10 CHU Bordeaux [Bordeaux]
11 Laboratoire de Virologie [CHU Amiens]
12 UVCF - Unité de Virologie clinique et fondamentale
13 Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges]
14 CHU Saint-Antoine [AP-HP]
15 Laboratoire de virologie
16 Carcinogenèse Hépatique et Virologie Moléculaire
17 Laboratoire de virologie [Rouen]
18 Laboratoire de Virologie
19 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
20 URMITE - Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes
21 CIC - Brest - Centre d'Investigation Clinique
22 Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
2 LVMS - Laboratoire de virologie moléculaire et structurale
3 Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta
4 Laboratoire de virologie
5 IPMC - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire
6 Laboratoire de Virologie [Rennes] = Virology [Rennes]
7 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
8 Laboratoire de Virologie
9 Virus, pseudo-virus: Morphogénèse et Antigénicité
10 CHU Bordeaux [Bordeaux]
11 Laboratoire de Virologie [CHU Amiens]
12 UVCF - Unité de Virologie clinique et fondamentale
13 Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges]
14 CHU Saint-Antoine [AP-HP]
15 Laboratoire de virologie
16 Carcinogenèse Hépatique et Virologie Moléculaire
17 Laboratoire de virologie [Rouen]
18 Laboratoire de Virologie
19 IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
20 URMITE - Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes
21 CIC - Brest - Centre d'Investigation Clinique
22 Laboratoire Virologie [CHU Toulouse]
Sophie Vallet
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- PersonId : 881475
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Florence Legrand-Abravanel
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Adeline Pivert
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Cécile Henquell
- Function : Author
Audrey Mirand
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Elisabeth André-Garnier
- Function : Author
Vincent Thibault
- Function : Author
- PersonId : 177779
- IdHAL : vincent-thibault
- ORCID : 0000-0001-6517-2901
- IdRef : 145706192
Caroline Scholtes
- Function : Author
- PersonId : 1266870
- IdHAL : caroline-scholtes
- ORCID : 0000-0003-0691-8480
Evelyne Schvoerer
- Function : Author
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- IdHAL : evelyne-schvoerer
- ORCID : 0000-0003-0290-4532
- IdRef : 083596917
Sarah Maylin
- Function : Author
Etienne Brochot
- Function : Author
- PersonId : 945915
- IdHAL : etiennebrochot
- ORCID : 0000-0002-8677-6349
- IdRef : 152010645
Patrick Soussan
- Function : Author
- PersonId : 1173542
- IdHAL : soussan
- ORCID : 0000-0003-2706-7371
Jean-Christophe Plantier
- Function : Author
- PersonId : 1248186
- IdHAL : jean-christophe-plantier
Philippe Colson
- Function : Author
- PersonId : 938930
Vincent Mackiewicz
- Function : Author
Lina Aguilera
- Function : Author
Nelly Magnat
- Function : Author
Jacques Izopet
- Function : Author
- PersonId : 857751
- ORCID : 0000-0002-8462-3234
- IdRef : 058353887
Jean-Michel Pawlotsky
- Function : Author
- PersonId : 757187
- ORCID : 0000-0003-0745-7559
- IdRef : 07655130X
Abstract
Hepatitis C virus (HCV) protease inhibitor resistance-associated substitutions are selected during triple-therapy breakthrough. This multicenter quality control study evaluated the expertise of 23 French laboratories in HCV protease inhibitor resistance genotyping. A panel of 12 well-defined blinded samples comprising two wild-type HCV strains, nine transcripts from synthetic NS3 mutant samples or from clinical strains, and one HCV RNA-negative sample was provided to the participating laboratories. The results showed that any laboratory with expertise in sequencing techniques should be able to provide reliable HCV protease inhibitor resistance genotyping. Only a 0.7% error rate was reported for the amino acid sites studied. The accuracy of substitution identification ranged from 75% to 100%, depending on the laboratory. Incorrect results were mainly related to the methodology used. The results could be improved by changing the primers and modifying the process in order to avoid cross-contamination. This study underlines the value of quality control programs for viral resistance genotyping, which is required prior to launching observational collaborative multicenter studies on HCV resistance to direct-acting antiviral agents.