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Journal articles
Multicenter quality control of hepatitis C virus protease inhibitor resistance genotyping.
Sophie Vallet
1, *
Sylvie Larrat
2
Syria Laperche
3
Hélène Le Guillou-Guillemette
4
Florence Legrand-Abravanel
Françoise Bouchardeau
3
Adeline Pivert
Cécile Henquell
Audrey Mirand
Elisabeth André-Garnier
Valérie Giordanengo
5
Gisèle Lagathu
6
Vincent Thibault
7
Caroline Scholtes
Evelyne Schvoerer
8
Catherine Gaudy-Graffin
9
Sarah Maylin
Pascale Trimoulet
10
Etienne Brochot
11, 12
Sébastien Hantz
13
Joël Gozlan
14
Anne-Marie Roque-Afonso
15
Patrick Soussan
16
Jean-Christophe Plantier
17
Charlotte Charpentier
18
Stéphane Chevaliez
3, 19
Philippe Colson
20
Vincent Mackiewicz
Lina Aguilera
Sylvain Rosec
21
Stéphanie Gouriou
1
Nelly Magnat
Françoise Lunel-Fabiani
4
Jacques Izopet
22
Patrice Morand
2
Christopher Payan
1
Jean-Michel Pawlotsky
3, 19
*
Corresponding author
Sophie Vallet 1
Correspondent author
Sylvie Larrat 2
Author
Syria Laperche 3
Author
Hélène Le Guillou-Guillemette 4
Author
Florence Legrand-Abravanel
Author
Françoise Bouchardeau 3
Author
Adeline Pivert
Author
Cécile Henquell
Author
Audrey Mirand
Author
Elisabeth André-Garnier
Author
Valérie Giordanengo 5
Author
Gisèle Lagathu 6
Author
Vincent Thibault 7
Author IdHAL : vincent-thibault ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/J-7193-2015 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6517-2901
Caroline Scholtes
Author
Evelyne Schvoerer 8
Author IdHAL : evelyne-schvoerer
Catherine Gaudy-Graffin 9
Author
Sarah Maylin
Author
Pascale Trimoulet 10
Author
Etienne Brochot 11, 12
Author
Sébastien Hantz 13
Author
Joël Gozlan 14
Author
Anne-Marie Roque-Afonso 15
Author
Patrick Soussan 16
Author
Jean-Christophe Plantier 17
Author
Charlotte Charpentier 18
Author
Stéphane Chevaliez 3, 19
Author
Philippe Colson 20
Author
Vincent Mackiewicz
Author
Françoise Lunel-Fabiani 4
Author
Jacques Izopet 22
Author
Patrice Morand 2
Author
Christopher Payan 1
Author
Jean-Michel Pawlotsky 3, 19
Author
1
LUBEM - Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (ESIAB - Parvis Blaise Pascal - Technopôle Brest-Iroise - 29280 Plouzané - France)
- UBO - Université de Brest : EA3882 (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
2
Laboratoire de Virologie moléculaire et structurale (38043 Grenoble cedex 09 - France)
- CHU Grenoble (France)
3
Centre National de Référence Virus des hépatites B, C et Delta (France)
- INTS - Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (6 rue Alexandre Cabanel, 75739 Paris cedex 15 - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
4
Laboratoire de virologie (Angers - France)
- CHU Angers - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (4 rue Larrey - 49933 Angers cedex 9 - France)
5
IPMC - Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (CNRS-IPMC 660 Route des lucioles 06560 VALBONNE - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6097 (France)
6
Service de virologie (Rennes - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CHU Pontchaillou [Rennes] (2 Rue Henri le Guilloux, 35000 Rennes - France)
7
Service de virologie [CHU Pitié-Salpêtrière] (47-83, boulevard de l'Hôpital 75651 PARIS Cedex 13 - France)
- UPMC - Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (4 place Jussieu - 75005 Paris - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP] (47-83 Boulevard de l'Hôpital, 75013 Paris - France)
- Sorbonne Université (France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
9
Virus, pseudo-virus: Morphogénèse et Antigénicité (faculté de Médecine, 10 boulevard Tonnellé 37032 Tours - France)
- Université de Tours (60 rue du Plat d'Étain, 37020 Tours cedex 1 - France)
- EA3856 (France)
10
CHU Bordeaux [Bordeaux] (place Amélie Raba Léon
33076 BORDEAUX CEDEX - France)
12
Unité de Virologie clinique et fondamentale EA 4294 (AMIENS - France)
- CHU Amiens-Picardie (France)
13
Service de Bactériologie, Virologie, Hygiène [CHU Limoges] (Centre Hospitalier Universitaire Dupuytren 2, avenue Martin Luther King 87042 Limoges Cedex - France)
- CHU Limoges (Centre Hospitalier Universitaire Dupuytren - 2 avenue Martin Luther King 87042 LIMOGES - France)
14
Service des maladies infectieuses et tropicales [CHU Saint-Antoine] (184, rue du Faubourg-Saint-Antoine 75012 Paris - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- CHU Saint-Antoine [AP-HP] (184, rue du Faubourg Saint-Antoine
75571 Paris cedex 12 - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- Sorbonne Université (France)
15
Laboratoire de virologie (Paris - France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- Hôpital Paul Brousse (12 Avenue Paul Vaillant Couturier, 94800 Villejuif - France)
16
Carcinogenèse Hépatique et Virologie Moléculaire (Faculté de Médecine Necker 156 rue de Vaugirard 75730 Paris Cedex 15 - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U370 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
17
Laboratoire de virologie [Rouen] (1 rue de Germont 76031 Rouen Cedex - France)
- Hôpital Charles Nicolle [Rouen] (CHU de Rouen 1 rue de Germont, 76031 Rouen cedex - France)
- CHU Rouen (1, rue de Germont 76031 Rouen cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- UNIROUEN - Université de Rouen Normandie (1, rue Thomas Becket 76821 Mont-Saint-Aignan Cedex - France)
- NU - Normandie Université (Esplanade de la Paix - CS 14032 - 14032 Caen Cedex 5 - France)
- Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène (France)
18
Laboratoire de Virologie (France)
- AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (France)
- AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris] (46 Rue Henri Huchard, 75018 Paris - France)
19
IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale (8 rue du Général Sarrail 94010 Créteil - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U955 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- IFR10 (France)
- UPEC UP12 - Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 : UMR955 (61 avenue du Général de Gaulle - 94010 Créteil cedex - France)
20
URMITE - Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (27 Bd Jean Moulin 13385 MARSEILLE Cedex 5 - France)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement : UMR_D198 (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- AMU - Aix Marseille Université : UM63 (Aix-Marseille Université Jardins du Pharo 58 Boulevard Charles Livon 13284 Marseille cedex 7 - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1095 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- IFR48 (France)
- INSB (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7278 (France)
21
CIC - Brest - Centre d'Investigation Clinique (CHU de la Cavale Blanche 29609 Brest - France)
- UBO - Université de Brest (Université de Bretagne Occidentale - 3 Rue des Archives 29238, Brest - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : CIC502 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
22
Laboratoire de Virologie [Purpan] (Pôle Biologie - 330, avenue de Grande-Bretagne - TSA 40031 - 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan (France)
- Hôpital Purpan [Toulouse] (Place du Docteur Baylac
TSA 40031
31059 Toulouse cedex 9 - France)
- CHU Toulouse [Toulouse] (Hôtel-Dieu Saint Jacques 2, rue Viguerie TSA 80035 31059 Toulouse cedex 9 - France)
- Hôpital Purpan [Toulouse] (Place du Docteur Baylac
TSA 40031
31059 Toulouse cedex 9 - France)
Abstract : Hepatitis C virus (HCV) protease inhibitor resistance-associated substitutions are selected during triple-therapy breakthrough. This multicenter quality control study evaluated the expertise of 23 French laboratories in HCV protease inhibitor resistance genotyping. A panel of 12 well-defined blinded samples comprising two wild-type HCV strains, nine transcripts from synthetic NS3 mutant samples or from clinical strains, and one HCV RNA-negative sample was provided to the participating laboratories. The results showed that any laboratory with expertise in sequencing techniques should be able to provide reliable HCV protease inhibitor resistance genotyping. Only a 0.7% error rate was reported for the amino acid sites studied. The accuracy of substitution identification ranged from 75% to 100%, depending on the laboratory. Incorrect results were mainly related to the methodology used. The results could be improved by changing the primers and modifying the process in order to avoid cross-contamination. This study underlines the value of quality control programs for viral resistance genotyping, which is required prior to launching observational collaborative multicenter studies on HCV resistance to direct-acting antiviral agents.
Document type :
Journal articles
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.univ-brest.fr/hal-00935958
Contributor : Ghislaine Calvez <>
Submitted on : Friday, January 24, 2014 - 11:44:36 AM
Last modification on : Thursday, December 10, 2020 - 3:42:36 AM
Contributor : Ghislaine Calvez <>
Submitted on : Friday, January 24, 2014 - 11:44:36 AM
Last modification on : Thursday, December 10, 2020 - 3:42:36 AM
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Identifiers
- HAL Id : hal-00935958, version 1
- DOI : 10.1128/JCM.03032-12
- PUBMED : 23426922
Collections
UPMC | UNIV-RENNES1 | CNRS | LUBEM | UNIV-BREST | IMRB | UNIV-AMU | UNICE | UPEC-UPEM | UNIV-COTEDAZUR | UNIV-TOURS | UNIV-RENNES | COMUE-NORMANDIE | UNIROUEN | UNAM | IBSAM | SORBONNE-UNIVERSITE | SU-MEDECINE | UPEC | POLITIQUES-PUBLIQUES | SU-TI
Citation
Sophie Vallet, Sylvie Larrat, Syria Laperche, Hélène Le Guillou-Guillemette, Florence Legrand-Abravanel, et al.. Multicenter quality control of hepatitis C virus protease inhibitor resistance genotyping.. Journal of Clinical Microbiology, American Society for Microbiology, 2013, 51 (5), pp.1428-33. ⟨10.1128/JCM.03032-12⟩. ⟨hal-00935958⟩
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