L'hypoxie produite par l’eutrophisation d’origine anthropique impacte de plus en plus sévèrement les zones côtières. Les upwellings côtiers (remontés d’eau profonde) très productifs peuvent aussi provoquer une sédimentation importante de matière organique ayant des conséquences naturelles difficiles à distinguer des perturbations anthropiques. Ce concept est décrit ici comme “le paradoxe de qualité des écosystèmes d’upwelling”. Les communautés macrobenthiques des fonds meubles sont des indicateurs propres à détecter les impacts des perturbations sur la vie marine. La performance de différents indices biotiques est évaluée pour déterminer les conditions écologiques d’une baie au nord du Chili influencée par les upwellings qui présente de l’hypoxie peu profonde et un pôle industriel important. Les résultats obtenus soulignent les limites d’indices communément utilisés, notamment ceux basés sur une classification préalable des espèces selon leur sensibilité. Un indice comparant les abondances par taxon des stations étudiées avec celles de stations de référence connues s'est avéré peu sensible aux conditions naturelles. Je propose un nouvel indice fonctionnel qui permettrait une détection précoce de la dégradation écologique. Le fonctionnement des communautés benthiques est décrit le long d’un gradient de profondeur naturellement enrichi en matière organique. Remédier aux lacunes existantes sur la connaissance de ces communautés benthiques aide aux prises de décision pour éviter les effets adverses de l’hypoxie sévère et de l’anoxie. Un monitoring pluridisciplinaire continu sur le long terme avec un lien science/société est nécessaire. La gestion et conservation des écosystèmes d’upwelling et la vie exceptionnelle qu’ils hébergent sont essentielles pour continuer à profiter des nombreux bénéfices associés à ces écosystèmes clés.