Cet article s'efforce d'évaluer la place prise par les écoles et les universités dans les affrontements religieux qui divisèrent le Saint-Empire aux XVIe et XVIIe siècles. Il aborde successivement le rôle que ces institutions ont joué tour à tour voire à la fois : comme cadre du premier affrontement, au moins au niveau de l'enseignement supérieur ; comme objet des affrontements ou tout au moins de la critique, surtout dans les deux premières décennies de la réforme ; et donc comme objet de la transformation, autrement dit de la réforme, chaque fois que l'affrontement se traduit par la victoire d'un camp sur l'autre ; comme instrument de conquête et de consolidation des positions religieuses dans le cadre d'une émulation et une concurrence scolaire. Enfin il montre en dernière partie que ces institutions ont parfois eu tendance à se séculariser, à s'autonomiser et à obéir à d'autres impératifs que ceux, confessionnels, à quoi on voulait parfois les réduire. L'espace considéré est le Saint-Empire dans son ensemble, territoires patrimoniaux des Habsbourg compris, avec quelques incursions en Suisse.