Suivi de la biodiversité des mammifères marins en Bretagne par l'analyse de l'ADN dans le cadre du Réseau National Echouage. Bilans, nouvelles perspectives, et transposition à l'écosystème particulièrement riche des côtes de la Mauritanie

Résumé : Depuis plusieurs années, le laboratoire BioGeMME (Université de Brest) étudie la biodiversité inter- et intraspécifique des mammifères marins en utilisant des approches moléculaires. Les impacts potentiels des variations de l'environnement, d'origine anthropique ou non, locales ou plus globales, sont particulièrement recherchés. BioGeMME participe à plusieurs programmes de recherche portant sur des espèces ciblées. L'une des problématiques majeures du Laboratoire est de pouvoir disposer de sources d'échantillons biologiques pérennes, d'origine fiable, et accompagnés de données biologiques et spatio-temporelles exactes et précises. A coté de campagnes de prélèvements d'échantillons invasifs (biopsies) ou non (fèces, poils, grattages, souffles, ...), les réseaux de suivi d'échouages permettent de construire des banques d'échantillons extrêmement précieuses, accumulant les prélèvements au cours du temps. Lors de travaux menés conjointement avec Sami Hassani (Océanopolis, Brest), nous avons utilisés des échantillons du RNE, prélevés le long des côtes Atlantiques françaises (et particulièrement en Bretagne) pour (1) décrypter et expliquer l'existence de groupes génétiques de marsouins communs ; (2) caractériser la diversité génétique des phoques gris en limite sud de leur aire de répartition et (3) évaluer les apports réels d'une analyse exhaustive de type "code-barre de l'ADN" pour l'identification d'espèces, en complément des identifications réalisées sur le terrain par les correspondants. Les enseignements actuels de ces trois études seront présentés. Depuis six mois maintenant, l'expertise de BioGeMME est aussi mise en œuvre dans le cadre d'une collaboration internationale visant au suivi de la biodiversité des mammifères marins en Mauritanie (Wim Mullié, Frédéric Marret, programme "Biodiversité Gaz Pétrole" de l'état Mauritanien ; Koen van Waerebeek, "Conservation and Research of West African Aquatic Mammals" ). Plus de 26 espèces de mammifères marins ont déjà été observées historiquement le long des cotes Mauritaniennes. Des suivis de terrain, répétés de manière aussi régulière que possible, permettent actuellement de repérer et d'analyser les carcasses de cétacés échoués, de les dénombrer et de prélever des échantillons. L'état des carcasses, les difficultés de travail sur le terrain ainsi que la très grande diversité des espèces potentiellement rencontrées peuvent rendre difficile la détermination précise des espèces. Les analyses de type "code barre de l'ADN" permettent dans ce cadre de compléter de manière extrêmement pertinente les analyses de terrain. Mais l'état des carcasses peut aussi rendre très ardu l'extraction d'ADN utilisable à partir de certains échantillons, posant dès lors d'autres problèmes au travail de Laboratoire. Un premier bilan de ce travail et de ses perspectives sera présenté.
Type de document :
Communication dans un congrès
XVIème séminaire du RNE (Réseau National Echouages), Sep 2014, Dunkerque, France
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http://hal.univ-brest.fr/hal-01070328
Contributeur : Jean-Luc Jung <>
Soumis le : mercredi 1 octobre 2014 - 10:07:05
Dernière modification le : mercredi 1 octobre 2014 - 10:07:05

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Jean-Luc Jung. Suivi de la biodiversité des mammifères marins en Bretagne par l'analyse de l'ADN dans le cadre du Réseau National Echouage. Bilans, nouvelles perspectives, et transposition à l'écosystème particulièrement riche des côtes de la Mauritanie. XVIème séminaire du RNE (Réseau National Echouages), Sep 2014, Dunkerque, France. 〈hal-01070328〉

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